Работая с репозиторием через vpn часто сталкивался с ошибкой, указанной в заголовке поста. “Лечилось” как правило повторным выполнением команды. Времени (или желания?!) разобраться с этим как правило не было и видимо к счастью, т.к. проблему собирался искать “локально” (была какая-то уверенность в том, что проблема как-то связана с vpn поверх провайдерского l2tp, MTU “и вот это вот всё”©). И вот совершенно случайно выяснилось, что проблема не связана с сетевыми настройками и являет себя только “новым” клиентам svn, но ВНЕЗАПНО решить её можно настройкой сервера.
Особенно ВНЕЗАПНЫМ это “открытие” делает то, что настройка описана прямо в changelog mod_dav_svn, но кто ж его читает, правда?
В httpd.conf необходимо добавить:
SVNAllowBulkUpdates Prefer
Это решает проблему с “новыми” клиентами и не ломает работу “старых”.